حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی و حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی با صدور پیام جداگانه درگذشت دکتر سیدجواد طباطبایی را تسلیت گفتند .
متن پیام حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی بدین شرح است:
به نام خدا
دانشمند بزرگوار و پژوهشگر ژرف اندیش که دل در گرو ایران و عظمت آن داشت جناب دکتر سید جواد طباطبایی چشم از جهان فرو بست و همه دوستداران خود را عزادار کرد. من این مصیبت را به اصحاب فضیلت و به شاگردان و یاران او بخصوص به بستگان و خاندان محترمشان تسلیت می گویم و شادی روان ایشان و تندرستی و شکیبایی و پاداش نیکو برای بازماندگان معززشان را از خداوند منان طلب می کنم.
سیدمحمد خاتمی
متن پیام سید حسن خمینی بدین شرح است:
بسمه تعالی
درگذشت اندیشمند بزرگ معاصر استاد سید جواد طباطبایی طاب ثراه موجب تأثر شد.
برای همه کسانی که از نزدیک با ایشان آشنایی داشتند میزان احاطه علمی آن مرحوم و همچنین علاقه و عشق او به ایران و تمدن آن به خوبی مشهود بود.
همت و تلاش ایشان در بازشناسی و ترویج فرهنگ ایران و ایستادگی ستودنی اش در مقابل اندیشه هایی که به دنبال تجزیه و نفی تمدن ایرانی بودند از زمره نکاتی است که همواره در ذهن ها باقی خواهد ماند.
اینجانب فقدان ایشان را به جامعه علمی و دانشگاهی کشور تسلیت می گویم و از خدای متعال مسألت دارم تا ایشان را با صالحان محشور دارد و به بازماندگان گرامی ایشان صبر و اجر مرحمت فرماید.
سید حسن خمینی